Jbrowse在添加新物种时遇到的问题
在加入尖孢镰刀菌古巴专化型菌：NCBI地址的时候，使用脚本： IN='/var/www/html/JBrowse-1.16.9/Foc_4/data'; OUT='Foc_4_try'; set -e; set -x; …
生信
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samtools的使用之samtools view（sam转bam
1. samtools view sam转bam view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的，因而当输…
ncbi blast
ncbi blast https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
GO分析中安装本地org.Ma.eg.db包
首先安装 BiocManager::install("AnnotationDbi") 然后使用命令： install.packages("./org.Ma.eg.db/", repos=NULL) 意为安装本地./org…
生信环境配置
0.其他小工具软件 sudo apt-get install htop 1.安装fastq等依赖项 sudo apt install cutadapt fastqc python3-pip 很简单一行命令就行 2.安装t…
安装生信必须软件
0.其他小工具软件 sudo apt-get install htop 1.安装fastq等依赖项 sudo apt install cutadapt fastqc python3-pip 很简单一行命令就行 2.安装t…
Picard的安装
主要是java环境问题 java 检查当前可用的 Java 运行环境版本，可以使用以下命令： update-java-alternatives --list 输出结果会显示系统上安装的所有 Java 运行环境版本。 设置…
Shinyapp的构建
docker run -d --name shinyapp -p 3838:3838 \ -v /docker/shinyapp/:/srv/shiny-server/ \ -v /docker/shinyapp/shi…
安装ribodetector时遇到的问题及解决方法
首先使用 以下代码安装，报错（报错1） conda create -n ribodetector python=3.8 查验后怀疑为python版本有误，服务器安装的是Python3.9版本，此处使用的是Python3.…
motif的制作
作图代码 四、motif_seqlogo图 输入文件：05.motif/knownResults里面的motif file (matrix) 一般为后缀为.motif的文件 把.motif 文件使用文件编辑器打开 复制上…